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1948年和1949年的夏季，倪柝声在福州郊外的避暑地鼓岭他用经营中国生化制药厂的收入买下的房子里，举办了两期同工长老训练。内容有《人的破碎与灵的出来》《神话语的职事》《主工人的性格》《权柄与顺服》《读经之路》《教会的事务》《属灵的判定与判定的实例》以及《初信造就》等。之后，全国各地教会普遍大复兴。
倪柝声阅读了多达3000本基督教历代著作。其中对倪柝声产生深远影响的主要有两个源头：弟兄会和内里生命派。普利茅斯弟兄会以约翰·纳尔逊·达秘和乔治·慕勒为代表，以及马金多、乔治·卡亭、威廉·开雷等。弟兄会的影响主要是在教会和解经、预言（特别是郭维德、潘汤和彭伯）这些方面。另一个就是内里生命派，又称“奥秘派”，或称寂静主义，诸如：盖恩夫人、宾路易师母、慕安德烈、史百克等。
1939年，倪柝声曾去伦敦访问史百克。内里生命派的影响是在生命、基督、圣灵、人的三部分（灵、魂、体）、主观的十字架和属灵争战等方面。
由此倪的双重负担，一是将信徒带进属灵而非常强调信徒的属灵造就。在《属灵人》等著作中，他主张帮助信徒将魂与灵分开，学习照着灵，不照着肉体或魂，并在基督的死、复活和升天里与他联合，过得胜的生活。而大大提高了远东基督徒生活的标准。在这方面他的代表作有《属灵人》、《人的破碎与灵的出来》等。华语世界大多数有心寻求的基督徒，都从他的文字得着属灵的粮食和生命的供应。
二是建立地方教会。他从圣经里面看到，主张恢复到使徒时期的教会生活，效法圣经中初期教会的榜样，提出一地只能存在一个教会的地方教会原则，亦公开谴责宗派的罪恶。他认为建立教会，建造基督的身体，使个人的基督，扩展为团体的基督，是神在今天的主要工作。
因此，他无论传扬福音、教导圣经、造就青年信徒、带领特会或训练、并出版文字，都是为此目标。他在这方面的代表作有《工作的再思》《圣洁没有瑕疵》《教会的正统》以及《聚会的生活》等。同时主张恢复圣经中信徒皆祭司的理念，提倡全体信徒全体事奉，传福音、祷告，重视信徒的造就，提倡分区家庭聚会。
1949年大陆政局变化之前，倪柝声打发同工李常受去台湾开展，自己则于1950年3月从**返回上海，牧养大陆上的数百处地方教会。1951年4月，朝鲜战争爆发不久，倪柝声被邀请去北京参加**召开的全国基督教会议。那时中共正在进行三大运动：抗美援朝、土地改革和镇压反革命运动，同时在基督教内开展三自爱国运动和控诉运动。
原来主要由西方差会资助的各大公会，在政治形势变化并失去经济来源以后，信徒人数严重流失，很快都“认清形势”，“与帝国主义划清了界限”，积极主动在政治上靠拢新**，并在传福音方面采取低调。而由中国信徒自己创立的几个基督徒团体，如耶稣家庭、真耶稣教会和地方教会，认为自己早就实行了“三自”原则，因此基本未受政局影响，继续大传福音，大讲属灵生命之道，在1949年—1951年间的短时期内继续迅速扩展，甚至达到历史上的鼎盛时期。不过，不久以后，这几个基督徒团体就在1950年代的几次政治运动中成为受打击的主要对象。
在土改运动中，福建鼓岭的教会房地产被没收，全国地方教会有上万信徒写信给**要求保留。1952年4月，（三反五反运动中）倪柝声被秘密逮捕关押在东北，直到4年后的1956年（肃反运动中），才与在那一年1月29日被捕的同工汪佩真、李渊如、张愚之、蓝志一等人一同在上海，被作为“倪柝声反革命集团案”公开控诉。
这时，上海地方教会经过改组，由唐守临、任钟祥以及左弗如负责。他们和北京地方教会的负责人阎迦勒宣布再次革除倪柝声。许多信徒不再去南阳路聚会所聚会。
在**召开的控诉大会上﹐倪柝声被“揭发”出一连串令人难以想象的罪名，批倒批臭：政治上无比反动，如其中的一个罪名是在1940年代不赞成学生信徒上街进行反对国民**的游行示威（因为坚持圣经中顺服**权柄的要求），另一个罪名是让青年学生移居台湾这个“水深火热、暗无天日”的地方；又欺骗**，虽然是中国人自办教会，却与外国传教士有过来往，对他们还有过同情，因此没有站在坚决反帝的人民立场上。
其他还有很多耸人听闻的反革命、特务罪名；经济上偷漏巨额税款（数目高得荒唐，甚至超过药厂总价值），欺骗**；生活上荒yin无耻﹐甚至有与女同工私通的电影胶片公开展览（没有头部）。许多信徒指出，当年的摄影机极为笨重，要拍摄这样的影片需要多人协助，因此根本无法做到保密，因此这个指控显然是捏造的谎言。
如同他一贯的作风，倪柝声没有否认对他的指控（他常说：“我比你说的还要坏”）﹐而当时导致地方教会大量信徒受到打击。许多基督徒不相信这些指控属实，并同情倪的遭遇。但倪的家人和海外地方教会人士﹐由于地方教会的信仰特点，至今没有要求**为他平反。（受倪柝声影响的信徒，普遍都认为诽谤、误解属于十字架的苦难，对信徒属灵生命的长大有益，没有必要主动从十字架上下来，如活到1980年代、后来出狱的蓝志一不顾子女的再三苦求，也始终不肯向**要求平反，因他认定那是“为主受苦”，是“基督徒的荣耀”）。
有一些反对倪柝声神学立场和地方教会观点的人士，如**建道神学院的梁家麟，最出版了《倪柝声的荣辱升黜》，坚持相信中共1950年代对倪的指控并非捏造﹐而地方教会受到的打击则出自神的审判，根据之一是王明道日记中，说他曾从北方地方教会的一位弟兄听说“倪柝声犯了罪”。根据之二是李文蔚(前北京宽街聚会处成员)的传言。梁家麟因出版此书，受到地方教会内外一些基督徒的多次批评和抗议。
倪柝声被控诉、判刑之后不久，大陆基督教于1958年实行联合礼拜。上海地方教会使用不到10年的南阳路聚会所也被迫“献给”国家，后来改为静安体育馆。
倪被判刑15年，关进上海提篮桥监狱，以后一直没有出狱。
1971年11月7日，倪柝声的妻子张品蕙在上海病故。1972年6月1日凌晨，倪柝声在安徽省广德县白茅岭监狱（属于上海市管理）逝世，享年69岁。
