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317年西晋灭亡后，司马睿在建康重建晋朝，谥号为晋元帝，史称东晋。但晋廷稳定后大量引用侨姓世族（原北方世族），压抑江东世族。然而，由于侨姓世族持续侵犯江南经济并打压南方世族入仕朝廷，使得侨吴世族在政治及经济上的冲突仍在。加上世族对寒族歧视、与朝廷分庭抗礼；中央与方镇对立及野心家的崛起，使得东晋一朝未能统一中国。
晋元帝司马睿原属于东海王越一党，镇下邳。当时江东少受中原战乱影响，晋元帝渡江后倚重王氏，信任王导、王敦，时称“王与马，共天下”。吴姓世族以义兴周氏及吴兴沈氏并为江东二豪，吴郡朱、张、顾、陆四氏居次。303年、305年及310年间江南发生三次叛乱，皆由义兴周氏的周玘和顾荣、贺循、纪瞻、甘卓等平定，使江南得以稳定，史称三定江南。
307年八王之乱后，司马睿听从王导建议迁镇到建康。南迁后王导以“镇之以静，群情自安”政策稳定政权，他藉由当地名士顾荣、贺偱、纪瞻为引，进而获得吴姓世族的拥护。而后大量北方世族及皇族衣冠南渡，在王导号召下共同支持司马睿，使得江南诸州次第归附，晋怀帝蒙难司马睿被天下推举为盟主，不久被晋愍帝任命为丞相，
东晋统治阶级主要由世族掌权，由于军权外重内轻，不少方镇心怀野心，造成如王敦之乱、苏峻、祖约之乱及桓温专政。此时虽然陆续有北伐以收复失土，因为内部矛盾而始终未能重建巩固的全国统一政权。383年前秦出动举国之师，意图灭亡东晋。面对亡国之祸，东晋君臣一心，这是成立以来最团结的一次。淝水决战后前秦崩解，谢安、谢玄等人成功的收复大批失土。然而，后期又发生朋党相争及桓玄篡位。由于平民负担沉重，又发生孙恩、卢循之乱。谯纵亦据蜀地自立。最后刘裕崛起，平定诸乱，并夺得皇位，进入了南北朝时期。
东晋初期，王导等人采取镇之以静策略，以稳定局势。东晋的庄园经济的程度比西晋更重。由于农业技术提升等因素，在侨姓世族与吴姓世族密集开发下，江南获得全面开发而繁荣兴盛，中国的经济中心也逐渐南移，使得后来有大运河的出现。此外，在手工业和商业方面也有长足进步。
因为北方外患威胁仍在，东晋朝廷赖世族及方镇的支持以稳定局势，这使得不少士族掌握强大的武装形成割据。王敦素来桀傲，有意控制朝廷，晋元帝为了抑制王氏权势，以刘隗、刁协、戴渊等人牵制，并防御王敦，削弱其兵权。王敦利用祖逖去世、京城防御不足，于322年发兵，攻陷建康。刁协等人被杀，史称王敦之乱。晋元帝忧愤而死，太子绍继位，是为晋明帝。当时王敦欲专权，移镇姑孰（今安徽当涂县），但于324年病危。晋明帝下令讨伐，平乱成功，由于王导未附逆，所以王氏仍受晋室重用。
325年晋明帝去世，太子衍继立，是为晋成帝。由王导及外戚庾亮辅政。当时军事重镇分由陶侃镇守荆襄地区及由苏峻及祖约等镇守淮南地区。陶侃怀疑因为庾亮的干预，使得未能辅政而感到不满。庾亮为了提防陶侃，任温峤镇守武昌。由于苏峻及祖约对庾亮巩固中央的政策感到不满，于327年反叛。次年苏祖联军攻陷京师，胁持晋成帝，庾亮逃至寻阳（今江西九江市），史称苏峻之乱。此时陶侃观望，经温峤力劝之下决定讨伐苏峻。苏峻迎战阵亡，329年陶温联军收复京师，平乱成功。事后庾亮请罪，外调镇芜湖，朝廷由王导执政。334年陶侃去世，庾亮代之，仍遥控朝廷，与王导交恶。339年后王导与庾亮先后去世，由庾翼执政，掌握荆州军权。
在东晋成立后，南迁的晋人莫不希望发动北伐，收复在北方沦陷的家园。但由于世族已安居江南，南方丰富的资产使得重返北方的意愿不高。但是东晋建立后，依然进行了多次的北伐。东晋初期，朝廷采取以攻为守态度抵御北方。317年祖逖意图北伐，晋元帝给予充分支持，不仅从库存数千匹布帛中取出三千匹支援，晋元帝命祖逖相机收复中原。他招募流民建立军队北上，晋元帝还先后派自己的次子和司马飏出兵配合祖逖，并与当地坞堡合作，最后成功收复黄河以南领土，与石勒隔河相持。
但由于东晋发生内乱，朝廷于321年派戴渊为征西将军，都督各军守寿阳，镇西将军祖逖不愿隶属其下，修武牢沿黄河防御，又得知朝廷内部王敦和刘隗矛盾重重，忧愤而死。王敦因为祖逖去世而不必顾虑遂叛变。祖逖军由其弟祖约率之，最后也随苏峻叛变。由于晋朝内部矛盾，失地得而复失。晋成帝时则由庾亮、庾翼兄弟主持北伐，他们以荆州为中心，意图发动北伐。但是因被抵制，所以没有实现统一。庾氏兄弟相继去世后，朝廷先后由褚裒、殷浩、谢尚、桓温、司马勋等多次北伐。
346年晋穆帝时，桓温、周抚、司马无忌、毛穆之、袁乔等讨伐成汉，次年讨灭。349年石虎死，晋廷派褚裒北伐，失败。桓温多次破坏北伐，在褚裒北伐失败后引军东下武昌与殷浩争权。晋廷不许，改以殷浩、司马勋、谢尚负责北伐。352年殷浩联合羌将姚襄北伐前秦，被苻健击败。次年殷浩再度北伐，为姚襄所袭，殷浩被桓温弹劾罢免。
354年桓温伐前秦，但由于苻健采坚壁清野战术，桓温又态度消极不进，最后晋军缺粮而撤退。356年，桓温讨伐河南姚襄，击溃之并攻占洛阳，修谒皇陵。358年桓温不顾朝廷要求其驻守经营洛阳，仅留毛穆之三千人守洛阳，自行南撤。等到晋哀帝及晋废帝（即司马奕）相继为帝之后，桓温已经控制兵权。
当时北方呈现前秦、前燕代凉割据的局势，洛阳为前燕占领。桓温为了准备专权，于369年讨伐前燕。当时燕军大败，晋军进驻枋头（今河南浚县附近）与燕将慕容垂对峙。最后晋军缺粮而退，慕容垂率军追杀，晋军大败。
371年桓温废晋帝司马奕为东海王，改立司马昱为简文帝。隔年简文帝去世，晋孝武帝继位，373年桓温要求“九锡”，大臣谢安、王坦之拖延该事，不久桓温病死，东晋暂时中止了北伐。
淝水之战前夕，前秦东晋对峙图晋孝武帝时，谢安执政，桓冲为荆州刺史，防御荆襄地区；谢玄镇广陵，与谢安防御淮南地区。为了加强中央军力，晋孝武帝令谢玄招募淮南江北百姓，成立北府军。
370年前秦灭掉前燕后，前秦帝苻坚即有意灭东晋以统一天下。373年攻下东晋梁益二州。378年派苻丕围攻襄阳，朱序坚守，于隔年攻破，俘虏了朱序；又派彭超围攻彭城，却被谢玄率北府兵击败。382年吕光平定西域后，苻坚的目标指向东晋。次年5月桓冲率10万军，意图夺回襄阳，苻坚派苻睿、慕容垂等人防御。8月苻坚认为时机已到，率举国之师南征东晋，兵分三路，声势浩大。他亲率步兵60万抵达项城，派苻融为先锋率27万兵攻打寿阳，梁成等人屯洛涧以控制淮河。晋廷震惊，谢安力持镇定，命谢石为前线大都督、谢玄为先锋，与谢琰、桓伊等人率8万北府兵北上救援。
