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王重阳的修行思想以道教为主，但同时容纳儒、佛两教。他在对待三教的关系上持开放宽容的态度，认为三教有互相交融兼摄之处。经常被引用的七言律诗《孙公问三教》就反映出这方面的思想：“儒门释户道相通，三教从来一祖风。悟彻便令知出入，晓明应许觉宽洪。精神炁候谁能比，日月星辰自可同。达理识文清净得，晴空上面观虚空。”此诗首两句“儒门释户道相通，三教从来一祖风”就简单认为王重阳是“三教合一”的支持者。后两句“悟彻便令知出入，晓明应许觉宽洪”就清楚地表达到如果能够悟彻三教，就会明白他们之间是有所不同（出入）的，故此需要以宽容的态度来对待这些差异。这反映出王重阳在此诗的重点在于回应三教关系应该如何处理，三教之间虽然有相互契合之处，但亦有不同之处，在此诗中他并非认为三教是纵摄为一，反而是互有异同。
在另一首诗《问禅道者何》里，王重阳认为道佛二教在修行上可以互相兼通。在《答战公问先释后道》一诗中，他亦认为道、佛二教“是一家。值得注意的是，上述关于王重阳谈及三教关系的诗都是出于回答人们询问而写。这显示出王重阳愿意在回应外界的请教时，表现出对儒、佛二教抱持开放的包容态度。他尽管对儒、佛二教的修持表示认同，但其宗教身份认同及修练方式均以道教传统为根基。而全真道亦不像后世三教合一的思想般，分别从儒、佛、道三教各取部分思想教理合为一教，而是一直都以道教教理及修持为宗教实践的主体，如主张内丹修练及性命之学以致成仙。《重阳立教十五论》《第七论打坐》提到的境界是“虽身处于尘世，名已列于仙位。不须远叅他人，便是身内圣贤。百年功满脱壳登真，一粒丹成神游八表。”《第十二论圣道》亦云：“入圣之道须是苦志多年，积功累行。高明之士、贤达之流方可入圣之道也。身居一室之中，性满乾坤。普天圣众默默护持，无极仙君冥冥围绕。名集紫府，位列仙阶。形且寄于尘中，心已明于物外矣。”可见王重阳终极的宗教修练追求仍然是以道教传统的登真成仙为目标。此外，金源涛在《终南山神仙重阳真人全真教祖碑》中虽然记载“真人劝人诵《般若心经》、《道德》、《清净经》及《孝经》，云可以修证。”但他亦将王重阳与佛教达摩及儒家的子思相比，视他为发扬道教义理的真人：夫三教各有至言妙理，释教得佛之心者，达么也，其教名之曰禅；儒教传孔子之家学者，子思也，其书名之曰《中庸》；道教通《五千言》之至理，不言而传，不行而至，若太上老子无为真常之道者，重阳子王真人也。其教名之曰全真，屏去幻妄，独全其真者，神仙也。
而刘祖谦撰写于天兴元年（1232年）的《终南山重阳祖师仙迹记》，在文章的开首亦认为王重阳“始于业儒，其卒成道”。故当世士人亦认为王重阳是道教的代表人物。故此，若认为王重阳是“三教合一”思想的提倡者，则会模糊了他一直以来以道教为本位的宗教立场与修练方式。事实上他只是在宗教对话及交流上对儒、佛二教持开放态度，并认为在部分实践范畴中彼此有着共同的基础。
王重阳与僧人多有交往，也常有互相之问难，因而也要作各种阐释，如《问阐道者何》。佛禅之理他也反复琢磨，进而归结为道，在《蓦山溪》中把佛、道二教相通的东西相提并论，但是最后还是“三清好”（仙境）、“归三岛”（蓬莱等仙岛）。做道教“神仙”强于“诸佛”。
王重阳似乎是有意无意的针对上述朱熹对道教的批判，振兴道教，创立了全真道，保全老、庄之真，从《老》、《庄》书中寻求真理、真义，王重阳以老氏之学立教。其一，以老氏之学为教；其二，“三教合一”仅为其“绪余”，不是主要的。这第二方面已于上述，这里不必多说了。且阐明一下其以老氏之学为教。
王重阳在一首《望蓬莱》的词中说：为甚得通三一法，都缘悟彻五千言。立起本根源。“三一”原为神名，作为道教名词之后，又有多种解释，如《玄门大论三一诀》引孟法师云：“今三一者，神、气、精；希、微、夷；虚、无、空”。并且说：“用则分三，本则常一”。然后，三神、三光、三色以及身中三宫、三田等等修炼方术的依据，都当属于三一法。所以《三一九宫法》说：“夫三一者，乃一身之灵宗，百神之命根。”据此，王重阳之“得通三一法”，可以理解为他之所以通晓道教之理和法（包括修炼），其原因就在于领悟和透彻的理解了“五千言”——《老子》。王重阳一生致力于此，教人诵读《老子》，是希望恢复道教创始阶段“都习老子五千言”的状况，因为在王重阳时期大部分地区已经在元朝的统治下，独立建教已经不可能，没有提倡三教来的容易，故主张三教平等，所以他同时还叫人读《孝经》和《心经》。
王重阳推崇《老子》，时时提及“五千言”：“五千言，二百字（按：《心经》260余字，简称“二百字”）。两般经秘隐，神仙好事。灵中省、悟彻玄机，结金丹有自。”“理透《阴符》三百字（按：实为380多字），搜通《道德》五千言，害风一任害风虔。”“夺得真容不问年，满炉香火五千言。”王重阳对《老子》恭敬、虔诚之至，所以当“迟法师注《道德经》”时，他写道：“遵隆太上五千言，大道无名妙不传，一气包含天地髓，四时斡运岁辰玄。五行方阐阴阳位，三耀初分造化奴。窈默昏冥非有说，自然秘密隐神仙。”另一首《和迟法师韵》中又说：“直躬弯射有为，中水涌两相宜。通道德遵公注，意无为只自知。”由此不难看出，王重阳尊崇《老子》，也依靠前人和他人之注释读《老子》，但是对《老子》有自己的“意”、“悟”、“搜通”和理解，而非世人所说的与佛教相同、非道教。也正因为如此，王重阳就是王重阳，能够独守自己的家风（道家），这是难能可贵的。
大定十年（1170年）正月初四日，王重阳自知行将羽化，召集四位弟子吩咐后事，飞升于返乡途中。在王重阳逝去后，马钰、谭处端、丘处机、刘处玄四人将王重阳遗蜕暂时安葬于孟宗献花圃，回到终南山与和德瑾、李灵阳及其他王重阳的好友弟子会面，居于刘蒋庵（今陕西省户县重阳万寿宫）修治葬所。大定十二年（1172年），马钰、谭处端、丘处机、刘处玄将王重阳遗蜕带回关中，葬于刘蒋庵。元代，至元六年（1269年），元世祖忽必烈敕封王重阳为“重阳全真开化真君”。至大三年（1310年），元武宗进一步加封王重阳为“重阳全真开化辅极帝君”。
