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帖木儿帝国灭亡后，巴布尔自从被驱逐河中之后，翻山越岭进入阿富汗，夺取喀布尔，在喀布尔建立了一个小王朝，他率领伊斯迈尔借给他的军队匆忙赶回河中，胜利地进入了撒马尔罕城（1511年10月）。继撒马尔罕之后，布哈拉又向他敞开了大门，而蒙古乌兹别克人退到塔什干。巴布尔又去占领塔什干，成为塔什干和中亚统治者。
以伊朗人在呼罗珊的胜利为支柱，帖木儿王朝在河中的复辟似乎是完成了。但是，巴布尔开始碰到了意想不到的困难。他曾求助过的、并接受其宗主权的波斯人是十叶派***。布哈拉和撒马尔罕居民信奉的是逊尼派，他们斥责他与异端邪说者谈判，并与他断绝关系，他们的宗教热情比他们对帖木儿朝诸王的忠诚更加强烈。
由于受到这些宗教骚乱的鼓动，乌兹别克人又卷土重来。波斯将军纳吉姆·沙尼和巴布尔在布哈拉以北的加贾湾发生的一场大战中与他们交锋，这次被他们打败了（1512年12月12日），纳吉姆被杀。巴布尔放弃了对河中的所有企图，退回到他的喀布尔王国，七年以后，他从喀布尔出发，前往征服印度。于是，布哈拉、撒马尔罕和整个河中地区又转到蒙古乌兹别克人手中。
巴布尔曾尝试在中亚扩展自己的疆土，受挫后就把目光投向南方人心涣散、四分五裂的德里苏丹国。恰在这时巴布尔有了一个方便的借口：旁遮普省总督邀请他出兵把他从其领主苏丹的手中“解救”出来。于是，他向南方进行了“圣战”。印度的德里苏丹国遭受严重的打击，名存实亡，北部印度陷于分裂状态。
1510年时，蒙古贵族巴布尔就已经统治着印度北部。1525年，巴布尔南下进攻印度，次年攻占德里，屡败印度诸侯联军，征服北印度大部分地区，建立莫卧儿帝国。可见莫卧儿帝国最初是外族在印度建立的政权。从此，印度的不同教派，分散的村社走上了民族统一的道路，成为当时世界上最富有、最强大的国家之一。
巴布尔开始转战于整个印度次大陆，在很短的时间里，就占领了大半个印度半岛。他采用“以印治印”的手法，把印度半岛北部尚未征服的地盘划分给每一个印度的封建主，不管他们采用什么方法，只要管理那就是他们的领地。不久，印度北部就基本统一了。1527年春天，巴布尔与拉那·桑伽两军交火。经过十分激烈的拼杀，拉那·桑伽身受重伤，身上又添13处伤，全身受伤总数突破百块大关。尽管如此，拉其普特人最终还是被巴布尔打败了。
1528年，马茂德召集10万阿富汗联军于比哈尔，准备与巴布尔争一雌雄。在恒河与哥桥拉河交汇处，两军摆开战场。巴布尔亲自指挥蒙古人在强大炮火掩护下强渡哥桥拉河，分兵夹击敌军。两军相遇勇者胜，阿富汗人全线崩溃，马茂德逃亡孟加拉。这一仗成了巴布尔一生中征战之绝笔。1530年12月26日，巴布尔英年早逝，年仅48岁。著有《巴布尔回忆录》。巴布尔在一生的征战中，占领了东起哥桥拉河，西至阿姆河，南起瓜廖尔，北至喜马拉雅山脉的大片领土。
1530年，巴布尔因病去世后，其子胡马雍继承皇位。企图以察合台的突厥人、蒙古人、波斯人、阿富汗人和印度人组成的混合军队，征服全印度，以实现父亲的遗愿。其三位异母兄弟卡姆兰、欣达勒和阿斯卡里出兵攻击他，与他争夺王位。分散在各地的许多阿富汗贵族纷纷起兵反叛。
1539年，起兵谋反的东部阿富汗王公舍尔沙，在乔沙战役中胡马雍全军覆没，本人逃走。舍尔沙占领德里，建立了苏尔王朝。不但把领土扩展到孟加拉、比哈尔和马拉佤邦，而且在政治、社会和经济上多有建树。他实行开明政治，对印度教采取宽容政策；它建立了有效力的君主集权制，执法公正；他改革税制，计田优劣征收，发行银卢比；兴修道路，设立驿站，联系首都阿拉格与孟加拉、拉齐普坦等地的“大干道”至今仍是印度的主要干道之一。他的田赋改革是以后阿克巴改革的蓝本。
1545年舍尔沙在战争中被炸死。1555年，胡马雍重征印度平原，占领德里和阿格拉，恢复了莫卧儿帝国在印度的统治。在流亡伊朗期间，他进一步受到伊朗文化的影响，由逊尼派信徒改奉什叶派，并带回了对莫卧儿帝国有深远影响的伊朗文化。
在伊朗的帮助下，1556年，阿克巴继位，实行了进步的内政改革，采取宽容的宗教政策，扩大了莫卧儿帝国统治印度的社会、政治基础。他建立中央集权制，开疆拓土，统一了次大陆广大地区，推动了印度社会经济的向前发展。将全国划分为若干伊克塔（省），下设47个萨卡尔（行政区），萨卡尔又划分为帕尔加纳，各设阿明（法官）、希克达尔（税务官）、司库、文书等地方官吏。为了防止任何腐败行为，规定按时向官员支付薪俸，官员每隔2-3年调动一次。但是之后不久自图书馆失足而死。
1556年，胡马雍重登帝位六个月后逝世。2月，在巴伊拉姆汗的帮助下，年仅十三岁的阿克巴继承了帝位。阿克巴幼时未受到良好的教育，他在将军巴伊拉姆汗的辅佐下，开始治理莫卧儿帝国。他刚继位时，莫卧儿帝国的领土很小，首都德里被阿富汗贵族希姆占领。希姆聚集起十万军队想一举消灭莫卧儿人。而阿克巴的军队总共只有两万人。一些大臣劝阿克巴退出印度，回喀布尔休养生息。但巴伊拉姆汗将军力排众议，提议调动一切力量与希姆决战。阿克巴采纳了这建议。决战的地点，是德里以北的帕尼帕特，三十年前阿克巴的祖父巴布尔取得重大胜利的地方。
阿克巴18岁时，他夺回大权，命令他的舅父到圣地麦加退隐。阿克巴终于自己独力执政了。阿克巴摆脱左右羁绊后，便开始扩张领土的征讨，他对不同的地区采用不同的政策。对表示愿意归顺的地区，他仍让原来的头领管理土地，并对他的子孙委以重任。
1567年，阿克巴攻打梅瓦尔，用了4个月的时间攻下，屠杀了3万人，并把作为王国象征的大铜鼓和母神座上的大烛台拆下，当做自己的战利品。阿克巴用武力和怀柔的手段，15年的时间里统一了北印度。他又用16年时间把版图扩大到遥远的西北地方。最后，他又用了3年的时间，平定了南方的几个王国，从而建立了一个强大的莫卧儿帝国。
