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什么是自组织？不需要外部指令和干预，系统内自动形成相互默契的目标和规则，各尽其责而又协调地互动地形成有序结构，就是自组织。微观物质中，在物理、化学、生物中这种自组织现象是普遍存在的。
物质自组织是微观（原子分子层面）的自发的运动，引发形成了宏观有序的物质现象。举一个明显的例子：墨汁滴到一杯清水里，引发了系统的不稳定，墨汁微粒在水中发生着布朗运动。这个运动是物质自发的，过程好像是随机的、杂乱无章，目标却清晰完美，方向稳定。直到这滴墨汁完全均匀分布在水中，这完全均匀分布过程就是一种自组织。
这样的例子有很多，盐溶解在水里，最后的咸度均匀一致；锌熔化在高温铜液里，形成黄铜。黄铜的每一颗微粒的铜锌比都完全一致；激光器中电磁波“无外力”的自激振荡；记忆合金也是某种温度条件下恢复原来的形状、尺寸也是自组织，等等。
化学自组织现象是指物质世界中自发形成的宏观有序现象。典型的例子有：贝纳德流体对流形成的图案，著名的化学振荡图案自动变色的化学波。还有种类繁多的化学试剂、试纸，在化学测试中能够产生宏观、显著的色彩显示，也是自组织的佳作。
为解释自组织现象，科学界有离散结构理论，还有协同学理论、超循环理论等等，它们力图沟通物理学、化学与生物学甚至社会科学来阐释自组织。可是，这些理论把参入自组织的元素：原子、分子、基因等微观物质，看成是微粒、是一个个没有自身活力的“子”。于是没能够找到自组织的原始动力来自哪里？导致化学自组织成为科学难题。
自组织有自行振荡、自行平衡、自行有序。好像是无中生有、无中生有性，其实自组织在各尽其责而又协调地互动地形成有序结构的过程中，隐含着一个非常重要的前提：自组织中的每一微观成分都必须有主观能动性，必须蕴含着自我行动并且影响周边同类的“能、力”。
化学元素不仅仅是一个个的“子”，更重要的是在原子核外存在着有规律、有一定速率运转的核外电子，电子的运转成就了物质的能（热能、化学能等等），质子、电子伴生的场对外作用形成了力。原子价电子所具备的这种“能、力”，是物质分子的化学存在和化学自组织的基础和根源、是活力、是实施自组织行为中运动变化的动力来源。
但是，近80年来，量子物理学的波粒二象性概率论以及测不准理论当道，禁锢了对核外电子的运动线路、速率的探讨，迫使科研远离价电子运转线路、运转伴生的波，回避伴生波与周围波的互动和交流，被迫离开了自然的真实。
真实在哪里？
化学元素周期表醒目地告诉我们：价电子是决定物质特性（金属、非金属）的关键性因素，价电子的结合、分解、重组构成了新物质，成就了化学。
大自然在火光中提示：温度高光照频率高-告诉人们：核外电子的运转线路、速率是规律的，是随着温度变化的，说明核外电子是以一定的速率运转着的，是有规律的。
